ปี พ.ศ. ๒๕๖๑ มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยได้ออกประกาศ เรื่องการแบ่งส่วนงาน พ.ศ. ๒๕๖๑ ลงวันที่ ๒๒ กุมภาพันธ์ พ.ศ.๒๕๖๑ และลงประกาศในราชกิจจานุเบกษา เมื่อวันที่ ๙ มีนาคม พ.ศ. ๒๕๖๑ กองกิจการพิเศษซึ่งเป็นส่วนงานหนึ่งในสำนักงานอธิการบดี ได้แบ่งส่วนงานออกเป็น ๓ กลุ่มงาน คือ ๑) กลุ่มงานกิจการหลัก ๒) กลุ่มงานกิจการหลัก ๓) กลุ่มงานภารกิจพิเศษ โดยหน้าที่ของกองกิจการพิเศษ มีดังนี้

ปี พ.ศ. ๒๕๖๒ มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ได้มีประกาศมหาวิทยาลัยฯ เรื่อง ภารกิจ อำนาจหน้าที่และความรับผิดชอบของส่วนงานในมหาวิทยาลัย พ.ศ. ๒๕๖๒ ลงวันที่ ๒๔ เมษายน พ.ศ. ๒๕๖๒ โดยกองกิจการพิเศษมีภารกิจ อำนาจหน้าที่และความรับผิดชอบของส่วนงานในมหาวิทยาลัย ดังนี้